Cuando colonizadores españoles llegaron a las costas de Carolina del Norte, los nativos los llevaron a la aldea donde vivían, eran montículos cubiertos de barro, uno de ellos exclamó "Son como micos sucios", a partir de ese momento usaron esa expresión cuando se dirigían a ellos.

Fueron un desprendimiento de la Confederación Creek, estrechamente vinculados con otra tribu del mismo origen: los Seminole.

Originalmente habitaban el Valle de Tennessee, para migrar primero a las Carolinas y luego al norte de Alabama, durante los siglos XVIII y XIX pasaron al norte de Florida, agrupándose con los Seminole; para luego de las "Guerras Seminole" pasar a la zona pantanosa de Everglades. La tribu hoy ocupa varias reservas de sur de Florida, principalmente la "Miccosukee Indian Reservation".

En 1957 fueron reconocidos por el estado de Florida. En 1958 también recibieron el reconocimiento oficial del gobierno federal. En 1959 representantes Miccosukee visitaron a Fidel Castro después de la Revolución Cubana. Fueron reconocidos por el gobierno revolucionario, disgustando al gobierno federal estadounidense.